Фамилия Эйферова звучит нехарактерно для исконной русской модели, и это сразу подсказывает направление поиска. Основа Эйфер- — это, скорее всего, немецкая или еврейская фамилия, перешедшая в русскую среду через браки или ассимиляцию. Наиболее вероятная версия: мужская форма Эйферов происходит от немецкой фамилии Eifer или Eifert. Слово Eifer (айфер) переводится как «рвение», «усердие», «пыл». Немецкая фамилия Eifert могла быть прозвищем для человека деятельного, горячего в работе или, наоборот, вспыльчивого по характеру. Таким образом, Эйферова — это «относящаяся к роду Эйфера», то есть дочь или жена человека с прозвищем Усердный.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с топонимом. В Германии есть город Айфель (Eifel) — гористая местность на западе страны. Выходцев оттуда могли называть Eifeler, что в русской записи превратилось в Эйфер. Суффикс -ов в русском варианте — чисто грамматический, он адаптирует немецкую основу под русскую модель притяжательных фамилий (как Иванов от Иван). Окончание -а у Эйферовой указывает на женскую линию или принадлежность к семье.

В Российской империи фамилии на -ов с немецкими корнями чаще всего встречались среди обрусевших немцев, колонистов Поволжья, а также среди евреев, получивших фамилии при записи в кантонисты или в черте оседлости. Еврейская версия может быть связана с идишским произношением фамилии Эйферт (Eifert) — от того же немецкого корня. В обоих случаях фамилия редкая, сконцентрированная в местах компактного проживания немецких поселенцев или в бывших черноосёдлых регионах юга России. Сословная принадлежность могла быть любой: от крестьян-колонистов до мещан, ремесленников или купцов.

При разборе по составу: корень Эйфер- и суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Э́йферова, хотя в бытовой речи встречается и вариант Эйфе́рова. Фамилия не имеет славянской этимологии, поэтому искать в ней древнерусские корни не стоит — это поздний, искусственный перенос иноязычного прозвища в русскую фамильную форму.