Фамилия Эйгензеер — редкий пример немецкой по происхождению фамилии, сохранившейся в русском бытовании без переделки на славянский лад. Её основа — два немецких корня: «eigen» (собственный, своеобразный) и «Seer» (озеро). Буквально фамилию можно перевести как «собственное озеро» или, в более прозрачном смысле, как «владелец озера», «тот, у кого есть своё озеро».

Словообразовательная модель здесь классическая для немецких фамилий: сложение двух существительных в чистом виде, без суффиксов и окончаний. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, которые указывают на принадлежность («чей?»), немецкие фамилии такого типа часто описывают место жительства, ландшафтную особенность или владение. Эйгензеер — это, скорее всего, прозвище-топоним, которое закрепилось за человеком, жившим у отдельного, не общего озера, или за владельцем участка с водоёмом.

Вероятно, фамилия возникла в южнонемецких землях, где распространены сложные фамилии, описывающие природу (сравните: Зеебауэр — «крестьянин у озера», Бергман — «горец»). В России она могла появиться вместе с немецкими колонистами, которых приглашали в XVIII–XIX веках, особенно в Поволжье и Новороссию. Но встречается фамилия и у еврейских носителей, так как немецкий язык был распространён среди ашкеназов, и «Эйгензеер» могло быть искусственным или описательным прозвищем, данным при фиксации фамилий в черте оседлости.

Спорных версий у этой фамилии немного. Иногда «Seer» путают с «sehr» (очень) или «Seele» (душа), но это лингвистически неоправданно: в сложных словах «Seer» последовательно указывает на озеро. Также не стоит искать в фамилии значение «своеобразный взгляд» или «ясновидящий» — это ошибка, возникающая из-за созвучия с «Seher» (провидец). Разница в одной букве, но смысл кардинально другой.

В русском контексте фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется, если женщине (Эйгензеер — Эйгензееру, но Эйгензеер — Эйгензеерой). Географически в России она встречается точечно, в основном в городах, куда переселялись немцы или их потомки после депортации. Носителей мало, что делает фамилию ярким маркером немецкого или еврейского корня с привязкой к водному ландшафту.