Фамилия Фафинрод — один из тех редких случаев, когда происхождение лежит на поверхности и не требует сложных этимологических разысканий. Она целиком состоит из двух немецких корней: Faf(e) — «хватать, ловить» (от fangen) и Not — «нужда, бедствие, опасность». В буквальном переводе сложносоставное прозвище Fafnot означало «ловит беду» или «хватает нужду». Скорее всего, так в средневековой Германии могли прозвать человека, который постоянно попадал в переделки, неудачника, к которому липнут неприятности, либо, напротив, того, кто умел выкручиваться из любой беды — «хватающего нужду за горло».

Фамилия явно немецкая по модели образования. Такие двухосновные прозвища (Rufname или Übername) типичны для немецкой антропонимии XII–XV веков. В русской среде фамилия Фафинрод — однозначно пришлая. Она могла появиться у потомков немцев-колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках по манифестам Екатерины II и Александра I. Поволжские немецкие колонии, Причерноморье, а позже и города давали много таких фамилий, которые на русской почве закрепились в неизменном виде, без добавления типичных русских суффиксов -ов или -ин.

Написание «Фафинрод» — результат русификации исходной немецкой формы. В немецком языке фамилия могла выглядеть как Fafnoth, Fafnot или Faffnoth. Окончание -rod встречается в немецких фамилиях реже, чем -roth, -rath или -rodt, и здесь оно не связано с «вырубкой леса» (Rodung), а является просто фонетическим вариантом слова Not. Встречаются также варианты Фафенрот, Фафенрод — они передают ту же основу, но с более полным гласным между корнями.

В России фамилия остаётся крайне малочисленной. Её носители — почти наверняка потомки обрусевших немцев, и географически она тяготеет к регионам бывших немецких колоний: Саратовская, Самарская области, Ставрополье, а также к крупным городам, куда переселялись в XX веке. Сословно это были преимущественно крестьяне-колонисты, ремесленники или мещане; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.