Фамилия Фафлоткин образована из двух слов: «фал» - «снасть для подъема чего-либо на флоте» и «флот» - «объединение военно-морского флота, предназначенное для ведения военных действий на море». Скорее всего, предок Фафлоткиных был моряком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Фафлотка, со временем получил фамилию Фафлоткин.