Фамилия Фафлоткин звучит настолько необычно, что сразу хочется разобрать её на части. Сделать это просто: в её основе лежат два слова, связанных с морем. «Фал» — это снасть, трос для подъёма парусов и рангоута на флоте, а «флот» — объединение военных или торговых судов. Соединение этих корней в прозвище Фафлотка, скорее всего, указывает на человека, чья жизнь была неразрывно связана с морской службой. Потомок такого моряка и получил отчество-фамилию Фафлоткин.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: прозвище на -ка (Фафлотка) плюс стандартный притяжательный суффикс -ин. Такой суффикс обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный, и указывал на принадлежность: «чей?» — Фафлоткин, то есть сын, внук или человек из рода Фафлотки.

Однако не всё так однозначно. Вторая часть прозвища могла быть не «флотом», а диалектным словом. В некоторых говорах «флот» или «флотина» означало щепку, лучину или хворостину. В этом случае прозвище Фафлотка могло достаться человеку худому, долговязому, похожему на жердь, или же мастеру по расщеплению лучины. Эта версия менее романтична, чем морская, но лингвистически не менее правдоподобна. Всё же для северных и центральных губерний России, откуда, вероятно, родом фамилия, семантика «щепки» была более привычной в быту, чем профессиональная морская терминология.

Сам корень «фал» тоже имеет второе дно. В старых русских говорах «фал» или «фаль» означало складку, сборку на одежде, а также нечто обманчивое, поддельное. Отсюда могли появиться прозвища для хитреца или портного, который любил шить с фалдами. Если предок Фафлоткиных был не моряком, а, скажем, портным или лукавым торговцем, корень фамилии получает совершенно другое, бытовое объяснение.

В письменных источниках фамилия встречается крайне редко, что говорит о её локальном распространении. Скорее всего, она возникла в среде посадских людей или государственных крестьян, где прозвища были особенно живучими и нередко закреплялись за родом без участия церковных метрик. Фамилия не принадлежала дворянству — в родословных книгах её нет, что типично для прозвищ, образованных от просторечных слов.

Если придерживаться самой вероятной версии, то перед нами фамилия-профессия. Предок Фафлоткиных мог служить на флоте ещё со времён Петра I, когда матросов набирали из крестьян и посадских людей. Прозвище, соединившее «фал» и «флот», звучит как насмешливое, но уважительное прозвище бывалого моряка, который знал все снасти и мог управляться с парусами. Со временем буква «о» в середине слова закрепилась на письме, и фамилия приобрела свой нынешний вид, сохранив память о далёком предке-мореходе.