Фамилия Фагафурова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а арабское слово, прошедшее через тюркскую языковую среду. Корень здесь — «фагиф» (вариант «фагиф»), что в арабском означает «богатый» или «обладающий изобилием». В татарском и башкирском языках это слово закрепилось в форме «фагиф» или «фагыйфь» с тем же значением — «зажиточный», «состоятельный».

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. Мужская форма — Фагафуров — образована от личного имени Фагафур (араб. «богатый, щедрый») с добавлением русского патронимического суффикса. Женский вариант, соответственно, Фагафурова. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Фагафура» или «из рода Фагафура».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, особенно к территориям современного Татарстана и Башкортостана. Встречается она и у казанских татар, и у башкир, что неудивительно: имя Фагафур (встречается и в форме Фагиф) было распространено в мусульманской среде Поволжья. В дореволюционных метрических книгах можно найти записи о Фагафуровых из Казанской и Уфимской губерний.

Сословная принадлежность носителей фамилии неоднородна. Среди Фагафуровых были и крестьяне, и купцы — в татарском купечестве имя Фагафур встречалось нередко, что хорошо согласуется с его значением («богатый»). Однако утверждать, что все носители фамилии происходят из зажиточных слоёв, было бы натяжкой: имя давали и в простых семьях, надеясь на благополучную судьбу ребёнка.

В написании фамилии возможны варианты: Фагифурова, Фагифуров — с буквой «и» вместо «а» во втором слоге. Оба варианта восходят к одному корню, разница в передаче арабского звука через тюркское посредство. Современная форма с «а» (Фагафурова) — результат более поздней орфографической нормы, закрепившейся в паспортных данных.

Для человека, носящего эту фамилию, она — прямое указание на предка, которого нарекли именем с пожеланием достатка и щедрости. Никакой тайны или сложной этимологии здесь нет: перед нами честное и прозрачное имя-характеристика, перешедшее в фамилию.