Фамилия Фагаулин — редкий пример фамилии, образованной от арабского имени с помощью русского патронимического суффикса. В её основе лежит мужское имя Фагаула (вариант: Фагулла), которое восходит к арабскому «Фахрулла» — «гордость Аллаха», «слава Божья». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, это имя трансформировалось в более краткие формы, где «р» могло выпадать, а звучание упрощалось. Таким образом, Фагаулин означает «потомок Фагаулы», «относящийся к Фагауле».

Фамилия характерна для татарской и башкирской ономастики, где суффикс -ин (а не -ов) — обычный способ русификации фамилий от основ на -а, -я. В этом её отличие от, скажем, Фагаутдиновых, где суффикс -ов присоединяется к основе на согласный. Модель «Фагаулин» указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в общине именно под именем Фагаула, а не под полным арабским вариантом.

По социальному происхождению Фагаулины, скорее всего, относятся к крестьянам или мещанам, но не к духовенству: среди мулл и учёных чаще встречались фамилии от более полных форм (Фахрутдинов, Фахриев). Географически фамилия привязана к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области, а также к татарским диаспорам в Средней Азии.

В написании возможна путаница: в документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать как Фагауллин (с двойным «л») из-за арабской графики, где долгота согласного не всегда передавалась в кириллице. Но в современном русском языке закрепился вариант с одной «л», что сближает её с патронимами на -ин, а не с притяжательными прилагательными.