Фамилия Факаетдинов — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом скрывает за собой арабскую основу, которая в русском языке претерпела заметные фонетические изменения. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Факаетдинов), мы получаем основу Факаетдин.

Это имя — вариант арабского теофорного имени Фахретдин или Фахруддин. В классическом арабском оно состоит из двух частей: «фахр» (гордость, слава, честь) и «дин» (вера, религия). Вместе — «гордость веры» или «слава религии». Однако в тюркской среде, особенно у татар и башкир, откуда эта фамилия, скорее всего, и происходит, произношение упростилось: звук «х» выпал или перешёл в «к», а гласные редуцировались. Так «Фахретдинов» превратился в «Факаетдинов». Это не ошибка, а закономерный диалектный вариант, закрепившийся в документах.

Суффикс -ов типичен для русской фамильной модели, которую массово перенимали нерусские народы Поволжья и Приуралья в XVIII–XIX веках, при крещении или просто при получении паспортов. Таким образом, Факаетдиновы — это потомки человека, которого звали Факаетдин (разговорная форма от Фахретдин), а тот, в свою очередь, получил имя в честь одного из эпитетов исламской религии.

Встречается фамилия в основном у татар и башкир, в меньшей степени — у представителей других тюркских народов России. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века можно найти параллельные написания: Фахретдинов, Фахрутдинов, Факаутдинов — все они вариации одного корня. Сословно предки Факаетдиновых, скорее всего, были крестьянами или мещанами, но не исключены и представители мусульманского духовенства, так как имя «Фахретдин» было популярно среди мулл и имамов.

Главная особенность фамилии — её фонетическая «обруселость»: она звучит так, как её слышали русские писцы, записывавшие со слуха. Поэтому среди однокоренных фамилий Факаетдинов стоит особняком — это не книжный, а живой, народный вариант.