Фамилия Фамалия — редкий случай в русской ономастике. Её происхождение неочевидно, и единственной разумной версией выглядит связь с греческим словом φήμη (феми) — «молва, слава, слух». В русском языке это слово закрепилось в форме «фама» (ударение на первый слог) в значении «молва, толки, известие». В словаре Даля «фама» отмечена как книжное, заимствованное через польское fama из латыни. Таким образом, прозвище Фама могли дать человеку известному, о котором много говорят, или, наоборот, любителю послушать и разносить слухи.

Суффикс -ия в русских фамилиях встречается редко. Обычно он указывает на заимствованную основу или искусственное, книжное происхождение. В отличие от типичных -ов, -ин, -ский, модель на -ия (сравните фамилии Илия, Иулия, иногда Гория) могла возникнуть в среде духовенства или образованных людей, которые переосмыслили прозвище по образцу греческих или латинских слов. Не исключено, что первоначально фамилия звучала как Фамин (от «фама» + -ин) и лишь позже, при переписи или в канцелярской записи, трансформировалась в Фамалия по аналогии с редкими фамилиями на -ия.

Географически фамилия Фамалия не привязана к какому-то одному региону — она встречается точечно, что подтверждает её не массовое, а случайное возникновение. В дореволюционных документах её можно найти в южных губерниях, где было сильнее греческое и церковное влияние, а также в среде духовенства, любившего книжные и редкие фамилии.

Однокоренные фамилии — Фамин, Фаминцев, Фамов — встречаются чаще, и все они восходят к тому же корню «фама». В них прозвище Фама было оформлено стандартными суффиксами. Фамалия же стоит особняком: её необычное окончание либо результат ошибки писаря, либо намеренное «облагораживание» фамилии её носителем. В любом случае, основа остаётся прозрачной: предок человека с этой фамилией был так или иначе связан с молвой — либо сам был на слуху, либо добывал и передавал новости.