Фамилия Фан-дер-Флит — редкий для России случай, когда дворянская приставка «фон» или «де» оказывается не немецкой и не французской, а голландской. Если разобрать имя по частям, получается «Ван дер Влит» (Van der Vliet), где vliet по-нидерландски значит «ручей» или «течение». Прозвище Фан-дер-Флит, таким образом, могло закрепиться за человеком, жившим возле ручья, или указывало на выходца из местности с таким названием — в Нидерландах топоним Vliet встречается в нескольких провинциях.

Русская ветвь рода ведет начало от голландского купца Иоханнеса Ван дер Влита, который переселился в Архангельск в 1720-х годах. В России его имя быстро обрусело и превратилось в Фан дер Флит — так звучало привычнее для русского уха, а частица «фан» заменила оригинальное «ван». Обосновавшись сначала в архангельском, а затем в петербургском купечестве, семья разрослась: потомство первого переселенца насчитывало более ста человек и составило полноценную русскую ветвь нидерландского рода.

В XIX веке потомки рода перешли на государственную службу и были приняты в российское дворянство. Семья породнилась со многими известными русскими фамилиями: в родстве с Фан-дер-Флитами состояли адмиралы М. Лазарев и В. Корнилов, а также академик А. Н. Крылов. Такие браки характерны для обрусевших иностранных родов, которые к тому времени уже полностью влились в русскую элиту и утратили связь с исторической родиной.

Самый известный носитель фамилии в науке — Петр Петрович Фан-дер-Флит (1839–1904), русский физик, с 1880 года профессор Санкт-Петербургского университета. Его научный путь показывает, как далеко ушли потомки голландского купца от торговых дел: в 1872 году он защитил магистерскую диссертацию «Опыт объяснения некоторых внутренних явлений гидроэлектрической цепи», а в 1877-м — докторскую работу «Опыт объяснения внешних действий явлений электрического тока». Помимо чтения лекций и занятий со студентами-естественниками в физической лаборатории, профессор много сил отдавал помощи студентам: несколько лет состоял членом комитета общества помощи студентам Санкт-Петербургского университета, а затем входил в его ревизионную комиссию.

Сама модель фамилии — с артиклем и предлогом, слитыми в одно слово, — выдает ее нерусское происхождение. В русской ономастике такие формы единичны и всегда указывают на иммигрантов, сохранивших родовое имя в исходном виде. Для носителей фамилии сегодня это своего рода маркер: их предки приехали в Россию не как наемные специалисты, а как предприниматели, сумевшие за два столетия пройти путь от архангельского купечества до университетской профессуры и дворянских гербов.