Фамилия Фардотинов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «Фардотин» — не встречается в распространённых славянских именах или прозвищах, что сразу указывает на иноязычный корень.

Словообразовательная модель проста: к основе «Фардотин» добавлен патронимический суффикс -ов, типичный для русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца. Вопрос в том, что такое «Фардотин». Наиболее вероятная версия — это русифицированная форма тюркского или персидского имени. В персидском языке есть имя Фархад (Фархат) и слово «дин» (вера), а также распространённый компонент «-дин» в сложных именах (Салахуддин, Нуртдин). «Фардотин» может быть искажением одного из таких имён — например, Фархатдин или Фаррухдин, где «Фаррух» означает «счастливый», «благословенный». В русской среде сложное восточное имя могли переосмыслить, отбросив или изменив часть звуков, и затем оформить по-русски: Фардотин → Фардотинов.

Вторая, менее вероятная версия — связь с итальянским словом «fardato» (сделанный, готовый) или французским «fard» (краска, грим), но такие варианты не находят подтверждения в исторических документах по русским фамилиям. Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским или кавказским влиянием — Поволжье, Оренбуржье, Астрахань, где оседали выходцы из тюркоязычной среды.

Сословно Фардотиновы, скорее всего, не относились к дворянству — фамилия не фиксируется в родословных книгах. Носители могли быть мещанами, купцами или крестьянами, получившими фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Поскольку основа не славянская, предок-основатель, вероятно, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, чьё имя или прозвище адаптировали в русской среде.