Фамилия Фатходинов — исламского происхождения, и её разбор стоит начать не с корня, а с того, как она попала в русский язык. Это яркий пример адаптации арабского имени через тюркское посредничество. В основе лежит арабское имя Фатхиддин (Фатх ад-Дин), что переводится как «победа веры» или «открытие (врат) религии». Первая часть — «фатх» (победа, завоевание, раскрытие), вторая — «дин» (вера, религия). Такие имена с компонентом «дин» типичны для мусульманского мира и нередко встречались у татар, башкир и других тюркских народов.

Словообразовательная модель здесь — русификация через суффикс -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Фатходинов, то есть потомок Фатхиддина. В тюркской среде имя могло звучать как Фатхиддин, Фатхутдин или Фатхедин, но именно форма Фатходин, вероятно, возникла в результате упрощения — выпадения одного из согласных или стяжения гласных. Такое явление не редкость при переходе арабского имени через тюркские наречия, где долгие гласные и сложные сочетания могли редуцироваться.

Географически фамилия Фатходинов тяготеет к регионам Поволжья и Урала, особенно к территориям расселения казанских татар и башкир. Встречается она и в Средней Азии, но там чаще сохраняется исходная форма без русского суффикса. В России носители фамилии — преимущественно потомки мусульман, принявших православие? Нет, здесь обратная ситуация: фамилия осталась у верующих мусульман, просто её «обрусевшее» окончание — результат административного учёта в Российской империи, когда инородцам массово приписывали фамилии на -ов.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, неоднородна. Фатхиддинами могли называть и мулл, и простых крестьян, и торговцев. Но характерная деталь: имя с элементом «дин» часто давали в семьях, где ценили религиозное образование, так что среди носителей фамилии могло быть больше грамотных людей, чем в среднем по крестьянской среде. Впрочем, без конкретных генеалогических данных это лишь предположение.