Фамилия Фаусек — одна из тех, что сразу выдают нерусское происхождение. Её основа и модель образования указывают на польские или западнославянские корни. В русском языке фамилии с суффиксом -ек встречаются редко и почти всегда заимствованы, в то время как в польской ономастике это стандартный уменьшительный суффикс. Фаусек — это, скорее всего, не самостоятельная фамилия, а производная форма от более длинной фамилии вроде Фаус или Фауст.

Самая прямая версия возводит фамилию к латинскому имени Faustus («счастливый», «удачливый»). В средневековой Европе это имя было популярно, в том числе в католической Польше. От него образовались фамилии Фауст, Фаустин, а уменьшительная форма — Фаусек — могла означать «маленький Фауст» или «сын Фауста». В польском языке суффикс -ek выполняет ту же роль, что русский -ок или -ик: Пётр — Петрек, Ян — Янек. Соответственно, Фаусек — это «Фаустёнок» или «Фаустик».

Есть и менее очевидный вариант: связь с немецкой фамилией Fauser или Fauss. Немецкие переселенцы (особенно в Прибалтике и в Поволжье) часто полонизировали свои фамилии, добавляя славянские суффиксы. Если исходной была немецкая фамилия Faus (от средневерхненемецкого vūs — «хитрый», «лукавый»), то на польской почве она могла получить уменьшительную форму Фаусек. Однако эта версия слабее: фамилия Faus в немецких землях редка, а имя Фауст было широко известно в Польше благодаря школьной латыни и католическим святцам.

Географически фамилия Фаусек тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой. В дореволюционных российских источниках она встречается в Царстве Польском, реже — в белорусских и литовских губерниях. В русском языке фамилия не склонялась по падежам в женском роде (Анна Фаусек), что отличает её от исконно русских фамилий на -ек (вроде Козек, где -ек — часть корня). С точки зрения сословной принадлежности, носители фамилии Фаусек могли быть как шляхтой (мелкопоместной, с латинским именем в роду), так и мещанами, но однозначных данных об этом нет — фамилия не настолько массовая, чтобы составить статистику.

Таким образом, Фаусек — это типичная польская фамилия-патроним, образованная от имени Фауст через уменьшительный суффикс. Её носитель — потомок человека, которого в семье называли уменьшительно-ласкательным вариантом этого имени.