Фамилия Файзулхаков — одна из тех, что не встречается в старых русских переписных книгах и не связана с ремеслами или прозвищами. Её корни уходят в мусульманский Восток, а точнее — в арабскую и тюркскую ономастику. Основа фамилии — составное мужское имя Файзулхак (вариант: Файзул-Хак). Оно образовано от арабских слов «файз» (щедрость, изобилие, дар) и «хак» (истина, правда, право, а также одно из имён Аллаха — Истинный). В сумме имя означает «дар Истины» или «щедрость Всевышнего».

Фамилия образована по русской модели патронимических фамилий: к основе Файзулхак добавили типичный суффикс -ов. Такой способ был массовым в Российской империи для крещёных и некрещёных народов Поволжья, Приуралья и Сибири, когда требовалось зафиксировать фамилию по отцу в документах. То есть Файзулхаков — это буквально «сын Файзулхака». Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Файзулхако́в, хотя в быту возможны варианты.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически жили татары и башкиры: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Свердловская области. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия вроде Ахметова или Хасанова. Редкость связана с тем, что имя Файзулхак менее распространено, чем, скажем, Файзулла или Файзрахман. В метрических книгах XIX века можно найти записи о крестьянах и мещанах с таким отчеством, но фамилия закрепилась, вероятно, поздно — в конце XIX — начале XX века, когда окончательно оформился институт наследственных фамилий у татар и башкир.

Однокоренные фамилии — Файзуллин, Файзуллов, Файзуханов — построены от тех же корней, но с другими суффиксами и окончаниями. Файзулхаков стоит особняком: в нём сохранён полный арабский изафет (соединение двух слов в одно), что указывает на книжное, религиозное происхождение имени. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми верующими, возможно, муллами или уважаемыми старейшинами, раз выбрали для сына имя с таким высоким смыслом.