Основой фамилии Филин-Филинюк послужили имена Филя и Филеня. Как правило, такие фамилии указывают на знатное происхождение их обладателей: двойные фамилии получали дети, рождённые от представителей двух дворянских родов. При этом обе её части — Филин и Филинюк — происходит от однокоренных имён. Фамилия Филин образована от имени Филя, а Филинюк — от имени Филеня (Филиня, Филень, Филинь). Оба этих имени представляют собой производную форму оного из крестильных имен греческого происхождения, восходящих к основе «фил-» - «любящий», «любимый»: Филипп, Филарет, Филимон, Филей, Филон, Феофилакт и т.д. Судя по фамильным суффиксам, фамилия Филин имеет русское, а Филинюк – западно-украинское происхождение. Таким образом, потомок людей, обладающих именами Филя и Филеня, со временем получил фамилию Филин-Филинюк.