Фамилия Филло — редкая для русской ономастики и, скорее всего, нерусская по происхождению. В корне лежит греческое слово «филос» (φίλος) — «друг», «любящий», «дорогой». В греческом языке это основа множества имён (Филипп, Филарет, Феофил) и фамилий. Однако напрямую переносить её в русскую среду могли несколькими путями.

Самая вероятная версия: фамилия Филло — это русифицированная форма греческой фамилии, например, Филос или Филопулос. Такие фамилии принесли в Россию греки, переселявшиеся в Причерноморье, Крым и южные губернии в XVIII–XIX веках. В русской записи окончание могло упроститься до «-о», как это часто бывало с греческими фамилиями (сравните: Пападопулос → Пападопуло). В таком случае предок носителя фамилии был, вероятно, выходцем из греческой диаспоры — торговцем, моряком или священником.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная: фамилия могла возникнуть на западнославянской или балтийской почве. В польском и литовском языках есть слово «filo» или «fila» — в значении «ряд», «шеренга», «колонна» (от латинского «filum» — нить, ряд). Фамилия могла закрепиться за человеком, который жил в определённой части поселения (например, в конце улицы) или имел отношение к военному строю. Но эта гипотеза слабее: суффиксальная модель в польском языке обычно даёт окончания -ский, -ич, а не -о.

В любом случае, фамилия Филло — нетипичная для исконно русского словообразования. Она лишена привычных суффиксов -ов, -ев или -ин, что сразу указывает на её заимствованный характер. Географически эта фамилия встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает греческую версию. О сословной принадлежности носителей сказать ничего определённого нельзя: греки в России были и среди купечества, и среди духовенства, и среди крестьян-колонистов.