Фамилия Филомофицкий — редкий случай в русском ономастиконе, где переплелись церковная учёность и греческое происхождение. Её основа — греческое имя Филофей (от phileo — «любить» и theos — «Бог»), которое в народном пересказе и при адаптации к восточнославянскому произношению могло трансформироваться в Филомофей. Суффикс -ицк- (вместо более привычного -ов или -ин) указывает на то, что фамилия сформировалась по польско-украинской модели, типичной для шляхты и духовенства. В русской традиции фамилии на -ский/-цкий часто носили выпускники семинарий, которым давали «возвышенные» фамилии по имени святого или по месту служения.

Филомофицкий — это не прозвище по ремеслу или внешности, а искусственная фамилия, скорее всего, семинарская. В XVIII–XIX веках семинаристы, получая фамилию при поступлении, нередко брали её от имени своего небесного покровителя. Святой Филофей почитается в православии, и фамилия могла закрепиться за потомками священника или дьячка, которого при крещении нарекли Филофеем. Вариант Филомофицкий вместо Филофеевский — результат местного говора: звук «ф» в народной речи часто заменялся на «хв» или «п», а «ей» переходило в «ом» под влиянием аканья и упрощения.

География фамилии узка. Она встречается в основном в центральных и южных губерниях Российской империи, особенно в Черниговской и Полтавской, где было сильно влияние украинского языка и польской системы фамилиеобразования. В современных базах данных носителей немного, и фамилия остаётся редкой, не перешедшей в разряд массовых дворянских или крестьянских.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Филофеев, Филофьев — показывает, что Филомофицкий стоит особняком: он не просто от имени, а от его народной переделки с добавлением суффикса принадлежности. Это говорит о том, что предок носителя, вероятно, был не простым крестьянином, а человеком с образованием — священником или учителем, которому фамилию дали при посвящении в сан или при окончании семинарии. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что только подчёркивает её локальный и камерный характер.