Фамилия Флавьянов происходит от крестильного имени Флавиан, которое в народной среде закрепилось в форме Флавьян. Имя это восходит к латинскому родовому имени Флавий, а его основа flavus переводится как «желтый, золотистый». В переносном смысле так говорили о человеке с белокурыми волосами. Таким образом, в основе фамилии лежит прозвание по внешности — светловолосый, золотоволосый человек.

Форма Флавьян — не единственная народная переделка церковного имени. В русской традиции книжное Флавиан упрощалось до более привычного звучания, отсюда и появился вариант с «ья». По такой же модели образованы фамилии от других редких календарных имен: например, Севастьянов от Севастьян или Харламов от Харлампий. Суффикс -ов в фамилии Флавьянов указывает на принадлежность: потомок человека по имени Флавьян.

В церковном календаре имя Флавиан встречается дважды. Первый — святитель Флавиан Исповедник, патриарх Константинопольский, пострадавший за веру в V веке. Второй — святитель Флавиан, патриарх Антиохийский, живший веком позже. Оба почитаются как ревнители православия, и именно их память делала имя допустимым для наречения при крещении, хотя широкого распространения оно так и не получило.

Фамилия Флавьянов — редкая, и это неудивительно: само имя Флавиан никогда не входило в число частотных. Носители фамилии встречаются точечно, и проследить единый очаг ее возникновения сложно. Скорее всего, она появлялась в разных местах независимо, там, где священник предлагал это имя при крещении, а крестьяне или горожане переделывали его на свой лад.

Интересно, что написание через «ья» — Флавьянов — закрепилось именно в русской среде. В украинской и белорусской традиции чаще встречается вариант Флавианов, ближе к церковнославянскому произношению. Эта разница в написании — дополнительный след того, как книжное имя осваивалось живой речью.