Фамилия Флажкова — женская форма фамилии Флажков, и её происхождение неочевидно, пока не заглянешь в словарь русских прозвищ. Вопреки первому впечатлению, основа здесь не связана с флагом или знаменем. В русских говорах словом «флажок» называли не только уменьшительное от «флаг», но и особый вид рыбы — мелкого леща или подлещика. Прозвище Флажок могли дать рыбаку, который промышлял именно такой рыбой, или человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — скажем, худощавому и плоскому.

Модель образования простая: суффикс -ов/-ев образовывал фамилии от прозвищ на согласный. Флажок → Флажков, а далее — Флажкова. Такие фамилии типичны для центральной России, особенно для регионов, где рыболовство было одним из основных промыслов. Вторая, менее вероятная версия — прозвище Флажок могло быть дано бойкому, подвижному человеку, «порхающему» как флажок на ветру. Но рыбацкая версия надёжнее, потому что слово «флажок» в значении «рыба» зафиксировано в диалектных словарях, а переносное значение «вертлявый человек» — лишь догадка.

Фамилия редкая, в дореволюционных переписях почти не встречается. В современных справочниках она отмечена в основном в областях с развитым речным рыболовством — Астраханской, Волгоградской, Ростовской. Интересно, что ударение в фамилии смещено на второй слог: Флажко́ва, а не Фла́жкова, что характерно для многих фамилий, образованных от односложных прозвищ. Так что предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были рыбаками на Волге или Дону, а прозвище получили за пристрастие к ловле подлещика.