Фамилия Флидержинский — редкая, и её происхождение неочевидно. Если отбросить суффикс -ский, который в польской и западнорусской традиции указывает на дворянское или шляхетское происхождение (или на образование от названия места), то остаётся основа «Флидержин». Это слово не встречается в современных словарях, и его значение приходится реконструировать.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или профессии. Корень «Флидер-» может восходить к немецкому слову «Flieger» — «лётчик» или «тот, кто летает». В польском языке есть слово «fleder» (или «flider»), которое в диалектах означало «летучая мышь» или, в переносном смысле, «вертлявый, непоседливый человек». В таком случае Флидержинский — это потомок человека, которого прозвали «летуном» или «непоседой». Суффикс -ин- в середине фамилии (Флидерж-ин-ский) может указывать на принадлежность: «сын Флидержи» или «из рода Флидеры».

Вторая версия связана с географией. Фамилии на -ский часто давали по названию поместья или местечка. В Польше и на территории бывшей Речи Посполитой (современные Беларусь, Украина, Литва) существовали сёла с похожими названиями, например, Флидры или Флидерово. Если предок владел или жил в таком месте, его потомки могли получить фамилию Флидержинские.

Третья, менее вероятная гипотеза — искажение другой фамилии. В польских записях встречается фамилия Флидербаум (от немецкого «Fliederbaum» — «сиреневый куст»). Под влиянием русской речи окончание могло перейти в -ский, а основа сократиться. Но это лишь догадка.

Фамилия Флидержинский — явно не крестьянского происхождения. Суффикс -ский в дореволюционной России был типичен для дворянства, духовенства и польской шляхты. Носители фамилии, скорее всего, были людьми служилыми, мелкими помещиками или выходцами из городских сословий западных губерний. Точную этимологию без архивных записей установить трудно, но наиболее правдоподобной выглядит версия о прозвище «летун» или «непоседа», закрепившемся в шляхетской среде.