Фамилия Флидлидер — редкий случай в русском ономастиконе, где иноязычная основа практически не адаптирована. Её происхождение, скорее всего, немецкое или еврейское (ашкеназское), и связано оно со сложным словом, которое можно разобрать на две части: «Флид» и «лидер».

Первая часть, «Флид», восходит к немецкому Flied или Flieder, что значит «сирень» или «бузина». Вторая часть, «лидер», — это немецкое Lieder (множественное число от Lied — «песня») или, что менее вероятно, английское leader («лидер, вожак»). Если принять версию с «песнями», то исходное прозвище или профессиональное имя могло звучать как Fliedlieder — «певец о сирени» или «исполнитель песен о бузине». Однако в реальной немецкой ономастике такое прозвище не встречается и звучит как искусственное поэтическое построение.

Более правдоподобна версия, что фамилия образована от названия местности. В немецких землях существовали топонимы вроде Flied (например, Флид в Баварии) или Флиден. В таком случае Флидлидер — это указание на выходца из места с таким названием, где к основе добавился суффикс -er, типичный для немецких фамилий, обозначающих жителя («тот, кто из Флида»). Второй элемент «-лидер» мог возникнуть как искажение или переосмысление при переходе фамилии в другую языковую среду.

В России фамилия Флидлидер — большая редкость. Она могла появиться в среде немецких колонистов, которых приглашали в Российскую империю в XVIII–XIX веках, или у евреев, получивших фамилии при введении обязательной регистрации в начале XIX века. В еврейской традиции часто использовали немецкие и идишские корни для создания фамилий, и «Флид» могло быть связано с флорой, а «-лидер» — с родом занятий (например, кантор, певец в синагоге). Однако документальных подтверждений этой гипотезы нет.

Словообразовательная модель фамилии — чистый композит (сложение двух основ) без русских суффиксов. Это отличает её от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев, -ин. Носители фамилии Флидлидер, скорее всего, происходят из семей, сохранивших исходное написание и произношение, что указывает на сравнительно позднюю миграцию или на сознательное избегание русификации.