Фамилия Флотаркин — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно искусственного, книжного происхождения и почти наверняка не крестьянская и не купеческая. Если отбросить маловероятную версию о тюркских или финно-угорских корнях (в этих языках нет похожей звуковой основы), остаётся одно объяснение: фамилия образована от слова «флот» по модели, характерной для семинарских фамилий.

В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам часто давали «говорящие» фамилии — на латинский, греческий или просто благозвучный манер. Суффикс -арь (в форме -ар-) здесь не случаен: он указывает на деятеля, профессионала (как «пономарь», «звонарь», «псаломщик»). Основа «флот» + суффикс -ар- даёт «флотарь» — то есть человек, имеющий отношение к флоту, моряк или корабельщик. А фамилия Флотаркин — это уже притяжательное прилагательное: «сын флотаря». Двойной суффикс (-ар- + -кин) встречается в русских фамилиях, но редко, и подчёркивает, что фамилию давали не по отцу-ремесленнику, а по прозвищу или званию, которое закрепилось за родом.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть в среде военных моряков или вольноопределяющихся. Если матрос или офицер получал прозвище «Флотарка» (например, за любовь к флотской службе или за службу на флагманском корабле), то его дети автоматически становились Флотаркиными. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвища с таким суффиксом нехарактерны для военной среды — там скорее давали «Флотский» или «Моряк».

Географически фамилия Флотаркин почти не встречается в исторических документах. Она не упоминается в переписных книгах и ревизских сказках центральных губерний. Единичные носители фиксируются в Петербургской губернии и в южных портовых городах (Одесса, Николаев) уже в конце XIX века. Это косвенно подтверждает её позднее, книжное происхождение: такие фамилии часто оставались локальными, не распространяясь вширь.

В целом, Флотаркин — фамилия-загадка, стоящая на стыке двух традиций: семинарской и морской. Её носители, скорее всего, происходят из семей, где кто-то из предков служил на флоте или получил образование в духовном училище.