Фамилия Фнтонов — редкий случай, когда написание сразу бросается в глаза и вызывает вопросы. Сочетание согласных «Фнт» в начале нехарактерно для русских слов, и это первый ключ к разгадке. Скорее всего, перед нами пример искажённой или упрощённой записи исходной фамилии, которая могла звучать как Фунтонов или Финтонов. Беглая гласная «у» или «и» в разговорной речи могла выпасть, а при записи в документах закрепился вариант без неё.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели: основа (прозвище или имя) + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Основа «Фнтон» или «Фунтон» — это, вероятно, просторечная форма крестильного имени Феофан (от греч. «теофанес» — богоявление). В народной среде Феофан превращался в Фофан, а в некоторых говорах — в Фунтон. Суффикс -ов добавлял значение «сын Фунтона», то есть потомок человека, которого в быту звали Фунтон.

Другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским или кавказским корнем, где «фнт» могло быть частью местного имени или прозвища. Однако для фамилии, бытующей в русскоязычной среде, церковное имя Феофан остаётся самым логичным объяснением. Фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает её местное, а не аристократическое происхождение. Предки носителей фамилии Фнтонов, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия закрепилась в результате ошибки писаря или особенностей местного произношения.