Фамилия Фнтошин — редкий случай, когда написание подсказывает разгадку быстрее, чем произношение. С первого взгляда бросается в глаза необычное сочетание «фнт» в начале, нетипичное для исконно русских слов. Скорее всего, перед нами не исходная форма, а результат искажения — либо при переписи, либо из-за диалектного произношения. Самый вероятный источник — фамилия Фоми́н или её вариант Фо́мин, где первый звук «ф» остался, а корень «Фом-» при быстром или неразборчивом письме превратился в «Фнт-». В русских говорах встречается замена «м» на «нт» (ср. диалектное «фунт» вместо «фомка» — инструмент), что и дало форму Фнтошин. Основа здесь — каноническое имя Фома (от арамейского «близнец»), а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Фомин сын. Фнтошин — это, по сути, тот же Фомин, но застывший в ошибочном написании.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с прозвищем Фнтоша. В русских говорах «фынт» или «фынта» могло означать нечто мелкое, вертлявое, либо быть звукоподражанием (фырканье, пыхтение). Однако такая основа нигде не зафиксирована в словарях прозвищ, и без письменных источников это остаётся догадкой. Суффикс -ин в любом случае стандартен для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я.

Географически фамилия Фнтошин встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России, где было сильно влияние местных говоров и неграмотность при записи. В дореволюционных метрических книгах её могли записывать как Фомтошин, Фонтошин или даже Хвонтошин — варианты, подтверждающие народное произношение. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по отцу Фоме. Сравните с однокоренными, но более распространёнными формами: Фомин, Фомкин, Фомичёв — все они от одного имени, но Фнтошин выделяется именно орфографическим курьёзом.