Фамилия Фолофудинов — редкая и по звучанию необычная для русского уха, что сразу наводит на мысль о её нерусском происхождении. Корень здесь не славянский, а греческий: «фолофуди» или «фолофудия» — это искажённое греческое φολοφούδι, что означает «листопад» (от φύλλον — лист и φύδι — падение). В русском языке это слово трансформировалось в фамильное прозвище, а затем и в фамилию с помощью типичного русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын того, кого прозвали Фолофуд».

Как могло появиться такое прозвище? Скорее всего, его дали человеку, имевшему отношение к церковному календарю или природным циклам. В греческой православной традиции «Фолофудия» — это церковный праздник, отмечаемый в конце октября (по старому стилю), когда в Средиземноморье начинается массовое опадание листвы. Если предок носителя фамилии был священником, монахом или просто человеком, родившимся или крещёным в этот день, его могли прозвать Фолофудом. Другой вариант: прозвище могло быть ироничным, данным за неаккуратность или «осыпание» чего-либо (например, волос или одежды), но это менее вероятно, учитывая книжный, а не бытовой характер корня.

Географически фамилия Фолофудинов тяготеет к югу России — к регионам, где исторически было сильно влияние греческой диаспоры: Крым, Приазовье, Ставрополье, Краснодарский край. Греки-понтийцы, переселявшиеся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, нередко русифицировали свои фамилии, добавляя русские окончания. Фолофудинов — яркий пример такой адаптации: исходная греческая фамилия Фолофудис или Фолофуди превратилась в привычную для русского документооборота форму на -ов.

В отличие от многих фамилий, образованных от профессий или имён, эта сохраняет связь с календарём и церковным обиходом. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды духовенства или греческих переселенцев-земледельцев. Встречается она крайне редко: по базам данных современных телефонных справочников и переписей, по России насчитывается не более нескольких десятков человек с такой фамилией. Это делает её уникальным маркером греко-русского культурного пограничья.