Фамилия Фомалинык — редкий пример украинской фамилии, образованной от канонического имени Фома (от арам. «тома» — близнец). В отличие от распространённых русских форм вроде Фомин или Фомичёв, здесь мы видим характерный украинский суффикс -инык, который указывает на принадлежность к роду или происхождение от конкретного человека. По своей модели это типичная «отчество-фамилия»: Фомалинык буквально означает «сын Фомы» или «потомок Фомы».

Суффикс -инык (встречается также в формах -енко, -ук, -чук) особенно распространён на западе Украины — в Галичине, на Волыни, в Подолье. В польских и белорусских говорах встречаются близкие варианты на -ик. Фамилия могла возникнуть в крестьянской или казацкой среде, где детей не записывали по отчеству, а сразу давали фамилию по имени отца: Фома → Фомалин → Фомалинык (с добавлением уменьшительного или принадлежного суффикса).

Интересно, что основа «Фомалин» могла быть промежуточным прозвищем — «Фомалин» как «Фомин сын» или «маленький Фома». А уже к нему прирос окончательный суффикс. В некоторых говорах -инык также могло означать «внук» или «младший в роду», то есть фамилия фиксировала не только отца, но и более дальнюю генеалогию.

Форма написания с «ы» (а не с «и») — Фомалинык, а не Фомалиник — указывает на южнорусское или украинское произношение, где в безударной позиции «и» звучит как «ы». В документах советского времени такие фамилии часто русифицировали, заменяя «ы» на «и», но исходный вариант мог сохраниться в устной традиции или в метрических книгах.

Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, сосредоточены в одном или нескольких сёлах западной Украины. В переписях и справочниках она почти не встречается, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родоначальника, чьи потомки не разошлись широко.