Фамилия Фомылина — это не просто вариант от имени Фома, а редкий случай, когда суффикс указывает на конкретную географию и социальный слой. Основа здесь, разумеется, каноническое мужское имя Фома (от арамейского «близнец»). Но стандартная модель для русских фамилий — притяжательные суффиксы -ов/-ев (Фомин) или -ин (Фомин, от основ на -а). Форма Фомылина образована иначе: от полной формы имени Фома через суффикс -ыл-.

В русской ономастике суффикс -ыл- (в фамилиях на -ылин) встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвищное происхождение или на севернорусские говоры. Сравните: Кобылин, Горылин, Корылин. В случае с Фомылиным, скорее всего, исходным было не церковное имя напрямую, а прозвище Фомыла — так в некоторых регионах (особенно в Архангельской, Вологодской губерниях) могли называть упрямого, недоверчивого человека или просто насмешливо переиначить имя Фома. То есть фамилия закрепилась не за сыном Фомы, а за человеком, которого в быту звали Фомыла.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным переписей и телефонных справочников, основные очаги — это Кировская область и Удмуртия, что косвенно подтверждает версию о севернорусском (вятском) происхождении. В центральных областях России Фомылины почти не фиксируются. Фактически, это не столько фамилия от имени, сколько застывшее уличное прозвище, которое указывало на характер или манеру поведения конкретного предка, а не на его отца.