Фамилия Фомышен — редкий пример того, как простое имя обрастает нестандартным суффиксом. В основе лежит каноническое имя Фома (от арамейского «близнец»). Но если большинство фамилий от этого имени пошли по пути Фомин, Фоминцев, Фомкин, то здесь сработала украинская или белорусская словообразовательная модель.

Суффикс -ыш-ен указывает на уменьшительно-ласкательную или патронимическую форму. Сначала имя Фома превратилось в Фомыш (как Гаврила — в Гаврыш, Данила — в Данилыш). Затем к основе Фомыш- добавился суффикс -ен, который в восточнославянских говорах часто заменял стандартное -ов/-ев. Получается цепочка: Фома → Фомыш (мальчик, сын Фомы) → Фомышен (чей? — сын Фомыша). То есть фамилия буквально означает «внук Фомы» или «потомок Фомыша».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: её фиксируют в исторических документах Черниговской, Могилевской и Полтавской губерний. Встречаются варианты написания Фомышин, Фомышенко, Фомышев — все они образованы от той же уменьшительной основы, но с разными суффиксами. Фомышен — самый компактный и редкий вариант, без наращения -ко или -ов.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане. Прозвище Фомыш, от которого она пошла, давали не только сыну Фомы, но и человеку с фоминской внешностью или характером — например, упрямому, как библейский Фома неверующий. Впрочем, для фамилии первично именно родственное значение: «маленький Фома» или «Фомин отпрыск».