Фамилия Фонюшкина образована от просторечной формы старинного русского имени. В её основе лежит не церковное, а обиходное, домашнее имя Фонюшка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой крестильного имени Афанасий. С греческого это имя переводится как «бессмертие». Получается, что родоначальник семьи, которого в быту звали Фонюшкой, был Афанасием, а его потомки, отвечая на вопрос «чьи вы будете?», со временем закрепили за собой прозвание Фонюшкины.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: к основе, оканчивающейся на согласный, добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность конкретному человеку. Фонюшкин — это «сын Фонюшки». Женская форма Фонюшкина — естественное грамматическое следствие: так называли жену или дочь Фонюшкина.

Интересно, что имя Афанасий дало в народе большой веер форм: Афоня, Афоша, Фоня, Фоша, Феша. Форма Фонюшка с суффиксом -юшк- звучит особенно ласково, по-домашнему. Такие имена часто давали детям в крестьянской и купеческой среде, не всегда сверяясь с церковным календарём, а используя привычные, «домашние» варианты. Поэтому фамилия Фонюшкина — это не просто указание на предка, а сохранившееся через века свидетельство того, как его звали близкие.

Фамилия довольно редкая, она не встречается в старинных боярских родословных, что указывает на её происхождение в среде простых людей — крестьян или посадских. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где было распространено имя Афанасий. Однокоренные фамилии — Фонин, Фонюшин, Афонин — имеют ту же основу, но с другими суффиксами, что лишний раз подтверждает: все они выросли из одного корня, но в разных местностях и в разное время закрепились по-разному.