Основой фамилии Фонюшкина послужило мирское имя Фонюшка. Фамилия Фонюшкина восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Фонюшка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фонюшка, со временем получил фамилию Фонюшкина.