Фамилия Фотфудинов — редкий случай в русском ономастиконе. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Фотфудина), то в основе лежит прозвище или имя Фотфудин. Правдоподобнее всего, что это сложное слово из двух корней: «фот» и «фуд». Первая часть, «фот», восходит к греческому φῶς (род. падеж φωτός) — «свет». Вторая, «фуд», — искажённое арабское или тюркское «фуад» (араб. فؤاد) — «сердце». Таким образом, исходное прозвище могло означать «свет сердца» или «светоч души». Такие составные имена-пожелания (с греческим и восточным компонентами) встречались у народов Северного Кавказа и Закавказья, особенно у осетин, армян или греков, живших в смешанной среде.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Суффикс -ин (Фотфудин) говорит о том, что прозвище было личным именем или прозванием отца, а затем к нему добавили фамильный -ов. Обычно в русских фамилиях на -ин основа оканчивается на -а/-я (сын Миши — Мишин), но здесь исключение: основа на твёрдый согласный, что встречается у фамилий, образованных от нерусских имён, не вписавшихся в типичную славянскую парадигму.

Географически фамилия Фотфудинов почти наверняка привязана к югу России — Ставрополью, Краснодарскому краю, Ростовской области, а также к восточным районам Украины, где в XIX веке оседали греки и армяне, покидавшие Крым и Закавказье. Возможна и связь с мусульманской средой Поволжья: у татар или башкир встречаются сложные имена с компонентом «Фатх» (победа) или «Фуат» (сердце), но «Фот» вместо «Фат» — признак греческого произношения.

Второй корень «фуд» некоторые исследователи-любители ошибочно связывают с английским food (еда). Это анахронизм: массовое влияние английского на русские фамилии невозможно для времени их формирования (XVII–XIX века). Версия с «фуад» гораздо состоятельнее, так как арабская лексика проникала в русские окраины через исламскую культуру и торговлю.

Сословно Фотфудиновы, скорее всего, не были дворянами: фамилия не фиксируется в родословных книгах. Её носители — выходцы из крестьян, мещан или казаков, получившие фамилию по отцу при переписях. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая — единицы носителей по всей России, что подтверждает её локальное происхождение и невысокую численность рода.