Фамилия Фратовчан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия или прозвища, которое связано с молдавским или румынским словом «frate» — «брат». В таком случае основу «Фратов-» можно понять как «братский», «относящийся к брату», а характерный суффикс «-чан» указывает на принадлежность к определённой местности или общине. Подобная модель типична для фамилий восточнороманского происхождения, распространённых на территории Молдовы и западной Украины (Буковина, Бессарабия). Суффикс «-чан» (или «-ан») встречается, например, в фамилиях Волочан, Киричан, и обозначает выходца из какого-либо места или носителя определённого признака.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «фрат» (вариант «фырат»), обозначающим реку Евфрат. Однако в русском ономастиконе фамилий с таким корнем практически нет, и эта гипотеза остаётся слабой. Скорее всего, предок носителя фамилии был известен под прозвищем Фрат или Фратов — «брат», «собрат» (возможно, член религиозного братства или просто человек, которого так называли за дружелюбие), а его потомки, перебравшись в другое село или город, получили фамилию с суффиксом «-чан», то есть «Фратовчан» — «тот, кто из рода Фратовых» или «родом из места, связанного с Фратом».

Поскольку фамилия не входит в число массовых, её носители, вероятно, сосредоточены в нескольких сёлах или городах, и точную географию можно установить только по конкретным архивным записям. Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или мещане, так как фамилии на «-чан» редко встречались в дворянской среде.