Фамилия Фрукундкин — один из тех редких случаев, где разбор упирается не в географию или ремесло, а в почти забытый пласт лексики. Основа здесь — слово «фрукунд» или «фрукунда». В русских говорах, особенно на юге и западе, так называли неряху, грязнулю или человека с неопрятной внешностью. Слово это явно не славянское, а заимствованное — скорее всего, из польского или через идиш, где «фрукунт» могло означать «фрукт» в переносном, ироничном смысле (ср. с немецким Frucht). В русском языке оно прижилось именно с отрицательной коннотацией: не просто плод, а «фрукт» в смысле «тип», «субъект» с оттенком пренебрежения.

Фамилия образована по продуктивной модели: корень «фрукунд» + суффикс -к- (уменьшительный или прозвищный) + стандартный патронимический суффикс -ин. То есть Фрукундкин буквально означает «сын (или потомок) Фрукундки». Само прозвище Фрукундка — это «маленький неряха» или, в более мягком варианте, «чудак». Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от слов женского рода (на -а/-я) или от прозвищ с конечным -а/-я: Фрукундка → Фрукундкин. Это указывает, что прозвище было распространено именно в форме Фрукундка, а не Фрукунд.

Версия о связи с латинским fructus («плод») или немецким fruchtbar («плодородный») выглядит натяжкой. Если бы фамилия происходила от книжного слова, она скорее получила бы суффикс -ов или -ский (Фруктов, Фруктовский). Агрессивный суффикс -к- и просторечная основа выдают народное, бытовое происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии получил это прозвище за небрежный вид или эксцентричное поведение — и оно закрепилось как родовое имя.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных переписях и современных справочниках она почти не встречается. Можно предположить, что её носители жили в черте оседлости (западные губернии, Украина, Белоруссия), где бытовали польские и идишские заимствования. Сословно — скорее всего, мещане или крестьяне, так как фамилии с таким прозвищным корнем редко поднимались выше купечества. Точных данных о датах или известных носителях нет — фамилия осталась в тени более массовых.