Фамилия Фрулиндиков — редкий случай, когда в основе лежит не русское слово или имя, а, скорее всего, искусственное или заимствованное образование, переработанное по русской словообразовательной модели. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?»), мы получаем основу «Фрулиндик». Это нестандартная основа: она не встречается в древнерусских именах, прозвищах или названиях ремёсел. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в духовной среде.

В семинарской практике XVIII–XIX веков было распространено давать будущим священникам фамилии, образованные от латинских или греческих слов, часто с уменьшительными или «украшающими» суффиксами. «Фрулиндиков» может восходить к латинскому «frūgālis» (умеренный, скромный) или к искажённому «frūctus» (плод) с добавлением суффикса -индик-, который встречается в фамилиях типа «Апельсиндиков» или «Мандариндиков». Такие фамилии давали не по реальному прозвищу, а по «благозвучному» слову, которое нравилось наставнику или самому семинаристу. Вероятно, исходное слово переосмыслили как «фрукт» или «фрулинд» (вымышленное растение), а затем русифицировали через суффикс -ик- и окончание -ов.

Другая, менее правдоподобная версия — связь с немецкой фамилией Fröhlich (весёлый) через промежуточную форму «Фрулих». Но тогда мы бы ожидали «Фрулихов» или «Фрулихин». «Фрулиндиков» выглядит как намеренное усложнение, типичное для искусственных фамилий, где корень намеренно делали «красивее» и длиннее.

Географически фамилия привязана к центральным губерниям России, особенно к Владимирской, Ярославской и Костромской, где было много семинарий. Носители Фрулиндиковы — почти наверняка потомки духовенства. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а крестьянам её дать было неоткуда. Таким образом, Фрулиндиков — это не прозвище по профессии или внешности, а книжная, кабинетная фамилия, которую получил в семинарии сын дьячка или пономаря, чтобы отличаться от однофамильцев.