Фамилия Фсукаин — редкий случай, когда необычное звучание почти наверняка отражает искажение исходного слова. Сразу обращает на себя внимание сочетание «фс» в начале, которое нетипично для исконно русских корней. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которые в устной речи подверглись перестановке звуков (метатезе).

Наиболее вероятная версия: основа «Фсука-» восходит к слову «псука» или «псукать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так называли человека, который псует, то есть портит, пакостит, вредит. Исходная форма могла быть Псукаин (от «псука» + суффикс -ин). При произношении начальное «п» перед «с» могло оглушиться и перейти в «ф», а затем закрепиться на письме. Таким образом, Фсукаин — это фонетический вариант фамилии Псукаин, где корень связан с глаголом «псути» (портить) или существительным «псук» (вредитель, негодник).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Фсуки (или Псуки). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, оканчивающихся на -а, -я.

Менее правдоподобная, но допустимая гипотеза — связь с диалектным «фсукать» (брызгать, плескать, шипеть), но это слово крайне локально и не даёт чёткой социальной характеристики предка. Также нельзя исключать искусственное или ошибочное написание при переписи населения, когда фамилию записывали на слух, и исходный вариант, например, Псукаин или Фукаин, превратился в Фсукаин.

Географически фамилия Фсукаин встречается редко, преимущественно в списках жителей центральных и южных областей России. Из-за малой распространённости точных исторических данных о сословии или роде занятий первых носителей нет. Можно предположить, что прозвище Псука (Фсука) давали человеку с неспокойным или склочным характером, тому, кто постоянно «псует» — вносит разлад или портит вещи.