Фамилия Фтоян — один из тех редких случаев, когда носитель почти наверняка может определить географию предков по окончанию. Суффикс -ян указывает на армянское происхождение: в русской передаче это патронимический формант, означающий «принадлежащий к роду такого-то» (аналог русских -ов/-ев). Фамилии на -ян массово оформлялись в XIX веке при переходе армян от сословных прозвищ к наследственным фамилиям, особенно в восточных областях исторической Армении — Эриванской, Елизаветпольской губерниях, а также среди армянской диаспоры.

Основа Фто- звучит нехарактерно для армянского языка: в нём нет исконных слов или имён с таким началом. Скорее всего, это искажённая запись при русификации. Вероятный исходник — Феодосий или Федот. В армянской среде греческое имя Феодосий (Теодосиос) могло сократиться до Фтос, а от него образовалась фамилия Фтосян — «из рода Фтоса». При записи в российских документах буква «с» могла выпасть, и фамилия закрепилась как Фтоян. Другая гипотеза — связь с тюркским корнем, но для армянских фамилий это менее типично.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным современных справочников, Фтоян встречается в основном в Армении (области Ширак, Лори) и в армянских общинах Краснодарского края и Ростовской области. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века.

По сути, Фтоян — это сокращённая патронимическая фамилия от греческого по происхождению имени, вошедшего в армянский именослов через христианство. Носитель такой фамилии может считать своими предками людей, носивших имя Феодосий, которое в народной среде звучало как Фтос.