Фамилия Фукено — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. Конечное «-о» в русских фамилиях — верный признак украинского корня. В отличие от польских фамилий на «-о» (Грабовский, Ковальский), украинские фамилии с этим окончанием часто образованы от прозвищ или профессий без дополнительного суффикса: Шевченко, Коваленко, Фукено.

Основа «Фук-» сразу отсылает к немецкому или еврейскому влиянию. Наиболее вероятное объяснение — прозвище от немецкого «Fuchs» (лиса). В украинской среде такое прозвище мог получить хитрый, изворотливый человек или рыжий, как лиса. Звук «кс» в украинском произношении часто переходил в «к»: «Фукс» превращалось в «Фук». Уменьшительный суффикс «-ен-» (как в «хлопец» — «хлопченя») добавлял оттенок «сын лиса» или «маленький лис». Получается: Фукено — «сын Фука» (человека по прозвищу Лис).

Есть и вторая, менее вероятная версия — связь с греческим корнем «φύκη» (водоросль). Но она слаба: фамилии от названий растений в украинской традиции почти всегда имеют суффиксы «-енко» или «-ук» (Бурьяненко, Лопух), а не простое «-о».

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины, особенно к Волыни и Подолью, где исторически были сильны немецкие колонии и еврейские местечки. Встречается также в Беларуси, но реже. В России единичные носители — почти всегда потомки переселенцев с Украины.

Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или казацкая. В реестрах Запорожского войска XVII–XVIII веков встречаются прозвища, похожие по структуре (Фук, Фукан), но сама фамилия Фукено в письменных источниках того времени почти не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении, уже после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные массово получали фамилии по прозвищам.