Фамилия Фуйфанова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «фуйфан», не встречается ни в старых русских именах, ни в распространённых прозвищах, ни в названиях ремёсел. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного слова или имени.

Самый вероятный путь — тюркское или монгольское происхождение. В тюркских языках корень «фуй» или «пуй» может означать «долг», «честь» или «слава», а «фан» — «свет», «сияние» или «учение». Вместе они могли составлять личное имя или прозвище, которое давали человеку за заслуги, учёность или высокое положение. В русской среде такое имя переделали в фамилию по стандартной модели: добавили суффикс -ов- и окончание -а, получив форму женского рода (Фуйфанова). Мужской вариант — Фуйфанов.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с диалектным словом. В некоторых говорах «фуй» означало «пустой, никчёмный», а «фан» могло быть искажением от «фант» (выдумка, фантазия). Тогда прозвище Фуйфан могло даваться человеку легкомысленному или склонному к пустым мечтаниям. Однако эта гипотеза слабая: подобные сложные составные прозвища нехарактерны для русской ономастики.

Географически фамилия Фуйфанова тяготеет к южным регионам России и Поволжью, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречается она редко, что подтверждает её недавнее и локальное происхождение. Носители фамилии, скорее всего, потомки крещёных татар, башкир или казахов, чьи предки получили фамилию по имени или прозвищу, записанному на русский лад.

Особенность фамилии — её окончание -ова, которое указывает на женскую линию. В русской традиции мужская форма (Фуйфанов) встречается ещё реже, что делает обе формы уникальными. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Фуйфанов, Фуйфановский (если было географическое название) и, возможно, Пуйфанов (с заменой «ф» на «п» в диалектах). Но все они — единичные случаи, не образующие гнезда.