Фамилия Габимотов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая правдоподобная версия связывает её с мусульманским именем Габим (или Габиб). Имя Габиб в переводе с арабского означает «любимый», «друг». Это одна из форм имени Хабиб, широко распространённого у народов, исповедующих ислам (татары, башкиры, народы Кавказа). К основе Габим- добавился фамильный русский суффикс -ов, образующий типичную патронимическую фамилию («сын Габима»). Форма Габим вместо Габиб могла возникнуть из-за местных диалектных особенностей произношения или при адаптации имени в русской письменности.

Менее вероятна, но не исключена версия происхождения от прозвища. В русских говорах слово «габить» означало «портить», «пакостить», а «габимот» могло быть прозвищем нерадивого или неаккуратного человека. Однако фамилии с таким корнем практически не встречаются в русской среде, что делает эту гипотезу слабой. Кроме того, суффикс -отов нехарактерен для русских прозвищных фамилий — он скорее указывает на иноязычную основу.

Фамилия Габимотов почти наверняка имеет тюркские или кавказские корни. Её носители, скорее всего, — потомки крещёных татар или выходцев из мусульманской среды, которые получили фамилию по имени предка. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, что подтверждает связь с татарским этносом. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего принадлежали государственным крестьянам или мещанам, а не дворянам.