Фамилия Габтраганеев — редкая и сложная по составу. Её основа восходит к татарскому мужскому имени Габдрахман (араб. ‘abd ar-Rahmān — «раб Милостивого», то есть слуга Аллаха). В народном произношении имя нередко стягивалось: отпадала средняя часть, и «Габдрахман» превращался в «Габрахман» или «Габтрахман». Форма «Габтраган» — один из вариантов такого сокращения с последующим озвончением конечного «н» (в тюркских языках звук «н» в конце слова часто переходит в «ң», что на письме может передаваться как «нг»). Суффикс «-еев» указывает на русскую модель образования отчества: Габтраганеев — буквально «сын Габтрагана».

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был мусульманином (татарином или башкиром), которого звали Габтраган. Фамилия закрепилась в среде татарских крестьян или мещан после введения обязательных фамилий в Российской империи во второй половине XIX века. Встречается она преимущественно в Татарстане и соседних регионах (Башкортостан, Оренбургская область), но из-за редкости точные границы бытования установить трудно.

Словообразовательный тип «-еев» вместо более типичного для татарских фамилий «-ов» объясняется особенностями русской адаптации: если основа оканчивалась на мягкий согласный «н», то в официальных документах часто прибавляли «-еев» (как в фамилиях Ахметеев, Галееев). Впрочем, встречается и написание «Габтраганов» — оно фиксирует ту же основу, но с суффиксом «-ов».

Спорных версий происхождения у этой фамилии нет — арабское имя с прозрачной семантикой и типичный для Поволжья способ оформления фамилии не оставляют простора для альтернативных толкований. Редкость фамилии (по данным открытых телефонных справочников, носителей — единицы) говорит о том, что род, вероятно, небольшой и компактный.