Фамилия Гаибханов — яркий пример того, как в русской фамилии сплавились тюркские и арабские корни. Её основа — составное мусульманское имя Гаибхан. Первая часть, «Гаиб» (араб. غائب), означает «отсутствующий», «невидимый», «скрытый» или «таинственный». В исламской традиции это один из эпитетов, относящихся к сокрытому от глаз миру или к самому Всевышнему. Вторая часть, «хан», — тюркский титул, который в составе имени часто переставал быть указанием на реальную власть и служил пожеланием могущества или просто уважительным компонентом. Таким образом, Гаибхан можно перевести как «скрытый владыка» или «таинственный правитель».

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов: к основе Гаибхан прибавили патронимический суффикс, указывающий на принадлежность — «сын Гаибхана». Такая модель характерна для фамилий, которые фиксировались у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в Поволжье, на Урале и Кавказе. Носители фамилии — в первую очередь потомки людей, носивших это имя, а не прозвище. Скорее всего, предок был мусульманином, и имя ему дали при рождении.

Интересно, что в отличие от многих фамилий, образованных от более простых имён (Ахметов, Ибрагимов), Гаибханов сохраняет редкое и семантически насыщенное имя-основу. Встречаемость фамилии невысока, она локализована в основном среди народов Дагестана и Чечни, где арабские имена с титулом «хан» были распространены. Написание двойное — через «х» (Гаибханов) — подчёркивает, что перед нами не русский корень, а сложное слово, где «х» входит в состав второй части.

Спорных версий происхождения у этой фамилии практически нет: арабская этимология первой части и тюркская второй — общепризнанны. Единственная вариация — возможное бытование фамилии в форме Гайбханов (с дифтонгом «ай»), что связано с диалектным произношением в некоторых тюркских языках. Но основная, закрепившаяся в документах форма — именно Гаибханов.