Фамилия Гамахария звучит на русский слух необычно, и это не случайно: её корни уходят в Закавказье, а точнее — в Грузию. Это грузинская фамилия, что сразу видно по её структуре: характерный суффикс «-ия» (в грузинском оригинале -ია) указывает на принадлежность к роду или местности. В грузинской ономастике такие фамилии распространены в западных регионах страны, особенно в Гурии, Имеретии и Аджарии.

Основа фамилии — «Гамах-» — восходит к грузинскому слову «гамахи» (გამახი). В грузинском языке у этого слова несколько значений, но самое вероятное для фамильного прозвища — «громкий», «звонкий» или «шумный». Так могли прозвать человека с громким голосом, крикливого или того, кто любил говорить на повышенных тонах. Второе значение — «проворный», «шустрый» — тоже возможно, но менее типично для прозвищ. Не исключено, что прозвище закрепилось за предком-глашатаем или человеком, который работал на шумном производстве, например, кузнецом.

Грузинские фамилии на «-ия» обычно образовывались от имени, прозвища или профессии отца. В данном случае Гамахария — это «принадлежащий Гамахе», где Гамаха — личное прозвище или уменьшительная форма какого-то имени. В Грузии такие фамилии нередко указывали на конкретный род, живший в одном селе или ущелье. Носители фамилии Гамахария до сих пор встречаются в Грузии, а после распада СССР часть их переселилась в Россию, Украину и страны Европы.

В русском языке фамилия склоняется по правилам заимствованных грузинских фамилий: мужская — Гамахария (именительный), Гамахарии (родительный), женская — не склоняется (Анна Гамахария). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Гама́хария, хотя в разных регионах возможны варианты. Фамилия редкая, в массовых российских справочниках не упоминается, что типично для грузинских фамилий, не связанных с княжескими родами.