Фамилия Ганапиева образована от мужского имени Ганапи, которое в свою очередь восходит к арабскому имени Ганапий (Ханафий). В основе лежит арабское слово «ханаф» — «правоверный», «истинно верующий», а также название одного из четырех суннитских мазхабов (религиозно-правовых школ) — ханафитского. Таким образом, имя Ганапи (Ханапи) могло указывать на принадлежность носителя к этому течению в исламе или даваться в честь основателя школы — имама Абу Ханифы.

Географически фамилия Ганапиева отчетливо привязана к Северному Кавказу, в первую очередь к Дагестану. Она характерна для народов, традиционно исповедующих ислам суннитского толка: кумыков, даргинцев, лакцев, лезгин и других. В русском языке фамилия закрепилась через суффикс -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных), который присоединяется к тюркским и кавказским именам при оформлении фамилий в русской документации. Женская форма Ганапиева означает «дочь или жена Ганапи», мужская — Ганапиев.

Встречаются варианты написания с начальным «Х» — Ханапиева, что ближе к арабскому оригиналу. В дагестанской среде имя Ганапи нередко давали в честь деда или уважаемого родственника, поэтому фамилия указывает на родовую принадлежность к конкретному тухуму (роду), а не на профессию или прозвище. Социальный состав носителей разнообразен: от горских крестьян до советской интеллигенции, но единого дворянского сословия за фамилией не закрепилось — титулы и привилегии на Кавказе имели иную природу, чем в центральной России.