Фамилия Ганюсина — женская форма фамилии Ганюсин, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем. Основа фамилии — Ганюс, что является уменьшительно-ласкательной или просторечной формой от канонического имени Геннадий. В русской народной традиции имя Геннадий часто сокращали до Ганя, а от него образовывали производные: Ганюс, Ганюха, Ганюша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ганюсин, то есть сын или потомок Ганюса.

Модель образования через суффикс -ин типична для русских фамилий, возникших от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В данном случае исходная форма Ганюс как раз подходит под это правило. Фамилия довольно редкая, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, она закрепилась в какой-то одной местности, а не разошлась широко по России. Поиск по географическим базам показывает, что носители фамилии Ганюсины встречаются преимущественно в центральных и северных областях России, например, в Вологодской и Костромской областях, что косвенно подтверждает её севернорусские корни.

Есть и другая, менее вероятная версия: в основе может лежать не имя Геннадий, а диалектное слово «ганюс» — в некоторых говорах так называли неопрятного, нерасторопного человека. Однако эта гипотеза слабее, так как подобное прозвище не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а форма Ганюс как производная от Геннадия встречается в метрических книгах XIX века. Таким образом, скорее всего, предок носительницы фамилии был просто Ганюсом — уменьшительным от Геннадия, и фамилия не несёт в себе никакой дополнительной характеристики, кроме указания на родство.