Фамилия Ганжилова — женская форма от Ганжилов. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу Ганжила. В русских говорах «ганжа» или «ганза» — это сварливый, вздорный человек, склочник. Слово имеет тюркские корни, где «ханжа» означало лицемера, но в русском языке закрепилось именно за бранчливым и неуживчивым характером. Суффикс -ил- в прозвище (Ганжила) типичен для русских обиходных имён, образованных от глаголов или качеств: тянула, верзила, зубила. Так что предок носителя фамилии, по всей видимости, получил это прозвище за неуступчивый, скандальный нрав.

Модель образования фамилии стандартна для южнорусских и украинских земель: прозвище на -а (Ганжила) + притяжательный суффикс -ов. Ганжилов — буквально «сын Ганжилы». Фамилия встречается в основном в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — регионах, где активно смешивались великорусское население и украинские переселенцы. В этих местах прозвища, описывающие поведение, давали особенно охотно.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: от диалектного «ганжа» — конопля. Тогда прозвище Ганжила мог получить человек, занимавшийся выращиванием или обработкой конопли. Однако учитывая, что прозвища от растений обычно имели другие суффиксы (Ганжов, Ганжовник), а суффикс -ил- тяготеет к характеристикам людей, версия со сварливым характером выглядит убедительнее.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется с конца XVIII века. В «Ревизских сказках» Воронежской губернии за 1795 год упоминаются крестьяне Ганжиловы из слободы Россошь. Сословно это были в основном государственные крестьяне, казаки и мещане — дворянских родов с такой фамилией не отмечено.