Фамилия Гаперадзе — одна из тех грузинских фамилий, чья внутренняя форма затемнена. Если большинство фамилий на -дзе (что означает «сын») прозрачны по корню (например, Махарадзе от имени «Махара» или «мужчина»), то с Гаперадзе всё сложнее.

Скорее всего, в основе лежит слово «гапери» или «гапера». В грузинском языке «гапери» — это «жаба» (земноводное). Прозвище Гапера могли дать человеку с большой головой, широким ртом или надутыми щеками — по внешнему сходству. В ономастике прозвища от названий животных и земноводных встречаются повсеместно, и фамилия Гаперадзе — грузинский аналог русских Жабин или Жабкин.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «гапери» в значении «скупой» или «жадный» (от «гапера» — «скупость»). В этом случае фамилия отражала бы черту характера предка. Третья версия — от арабского «гафар» (прощение), но для грузинской среды это маловероятно, так как корень «гапер» нехарактерен для арабских заимствований.

Географически фамилия тяготеет к западной Грузии (Имеретия, Гурия), где суффикс -дзе особенно распространён. Встречается и в Аджарии, но реже. Носители — крестьяне или ремесленники, поскольку фамилия не княжеская и не аристократическая. В XIX веке, при переписях, её могли записать с вариациями (Гаперадзе, Гаперадзе), но единая форма закрепилась.

Таким образом, Гаперадзе — фамилия, образованная от прозвища Гапера, скорее всего по внешнему сходству с жабой (или по характеру), и означающая «сын Гаперы». Никакой тайны, кроме обычной грузинской словообразовательной модели.