Фамилия Гаптрахманова образована от мужского имени Гаптрахман — одного из вариантов арабского имени Габдерахман (в диалектальных формах встречается также как Абдри, Габдри, Гаптери). Как и многие восточные имена, оно составное: восходит к двум мусульманским мужским именам — Габде и Рахман. Первое переводится с арабского как «раб; работник», второе — «милосердный, милостивый, милующий; добродетельный, доброжелательный». Второе имя мусульмане используют как один из эпитетов Аллаха. Поэтому имя Гаптрахман в целом означает «раб милостивого, милосердного Аллаха». Родители, давая такое имя сыну, желали ему стать достойным мусульманином.

Фамилия закрепилась по типичной для русского языка модели: к основе имени добавили суффикс -ов, а окончание -а указывает на принадлежность к женскому роду (в современном употреблении фамилия склоняется как женская форма, хотя исходно могла принадлежать и мужчине). Потомок человека по имени Гаптрахман со временем получил фамилию Гаптрахманов, а его дочь или жена — Гаптрахманова. Такая словообразовательная схема характерна для фамилий, возникших в среде крещёных татар или башкир, где арабские имена адаптировались к русской грамматике.

Основа фамилии — имя Гаптрахман — редкая даже среди татарских и башкирских имён: чаще встречаются варианты Габдрахман, Абдрахман. Форма с «п» вместо «б» (Гаптрахман вместо Габдрахман) — результат местного произношения, где звонкий звук оглушался. Это указывает на возможное бытование фамилии в Поволжье или Приуралье, среди мусульманских народов, говоривших на диалектах с такой фонетикой.

Фамилия Гаптрахманова — не частая, но и не единичная: её носители встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также в среде татарской диаспоры в других регионах России и странах СНГ. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она фиксируется с середины XIX века, хотя письменные источники по ней отрывочны. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской — фамилии такого типа обычно не встречались в дворянских родах, зато широко бытовали среди государственных и удельных крестьян-мусульман.

В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, у Гаптрахмановой прозрачная и почти не спорная этимология: корень — арабское имя, суффикс — русский патронимический. Спор может вызвать только точная диалектная форма исходного имени, но в целом происхождение ясно. Фамилия хранит память о том, как в XIX веке русская административная система оформляла имена инородцев, адаптируя их к стандартам имперского делопроизводства.