Фамилия Гаркущенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. Эта модель, характерная для Поднепровья и Левобережной Украины, указывала на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Гаркуш(а), а суффикс -енко буквально значит «маленький» или «сын», то есть Гаркущенко — «сын Гаркуши».

Само слово «гаркуша» имеет прозрачную этимологию. В украинских говорах и южнорусских диалектах «гаркать» или «гаркуша» — это человек, который говорит невнятно, картавит, «гаркает». Прозвище давали тому, у кого был дефект речи: шепелявый, с грассирующим «р» или просто неразборчивый говор. Такие прозвища по физическим особенностям — одни из самых древних и устойчивых в славянской антропонимии. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён, Гаркущенко напрямую связано с живой чертой характера или внешности предка.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых регионах «гаркуша» могло быть вариантом слова «горкуша» — так называли горькую или острую на вкус пищу, либо человека с горькой, тяжёлой судьбой. Однако эта гипотеза слабее: фонетический переход «о» в «а» под ударением для украинского языка нехарактерен, тогда как связь с «гаркать» подтверждается диалектными словарями.

Географически фамилия Гаркущенко тяготеет к Полтавщине, Черкасщине и Сумщине — регионам, где суффикс -енко доминировал над русским -ов. Встречается она и на Кубани, куда в XIX веке переселялись украинские казаки. Сословно носители фамилии относились к казачеству и крестьянству: прозвище, лёгшее в основу, было бытовым, а не аристократическим. В ревизских сказках XVIII века можно найти запись «Гаркушенко», что говорит о вариативности написания: в документах фамилию могли фиксировать на слух, отсюда колебания между «щ» и «ш» в суффиксе.

Редкость фамилии в том, что она избежала русификации: в отличие от многих украинских фамилий на -енко, которые в российских документах переделывали в Гаркушкин или Гаркушев, Гаркущенко сохранило исходную форму. Это позволяет с большой уверенностью говорить об украинском происхождении рода.