Фамилия Гайналий — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка тюркское, а точнее — татарское или башкирское. В основе лежит арабское имя Гайна (или Гайни), которое в тюркской среде приобрело форму Гайналий. Слово «гайн» в арабском означает «богатство», «изобилие», а суффикс «-и» указывает на принадлежность, так что имя Гайналий можно перевести как «богатый», «обладающий достатком». Фамилию образовали напрямую от этого личного имени, добавив к нему — и это ключевая особенность — нулевой суффикс.

В русской фамильной модели это исключение: подавляющее большинство фамилий заканчивается на -ов, -ин или -ский. Гайналий же осталась в форме чистого имени, без патронимических суффиксов. Такое встречается в основном у народов Поволжья и Приуралья, где фамилии нередко фиксировали исходное имя без изменений, особенно в советское время при паспортизации. Например, у татар распространены фамилии вроде Галим, Сафин, но форма Гайналий — более архаичная, указывающая на то, что предок был известен именно под этим полным именем, а не под уменьшительным прозвищем.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Гайналий, скорее всего, происходят из среды татарских или башкирских крестьян, ремесленников или торговцев. В дореволюционной переписи такие фамилии редко попадали в дворянские родословные книги, поэтому искать их в старых списках служилых людей бесполезно. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям, где исторически жили татары-мишари или башкиры.

Спорных версий у этой фамилии практически нет: тюркский корень очевиден, а альтернативные этимологии (например, от русского слова «гай» или «гайка») не выдерживают критики и лингвистически необоснованны. Единственное, что может сбить с толку, — это ударение. В самой фамилии оно, вероятно, падает на последний слог: Гайнали́й, что соответствует тюркской просодии, хотя в русском быту иногда смещают на первый.