Фамилия Гдушенкова — женская форма фамилии Гдушенков, и её происхождение ведёт к прозвищу или мирскому имени Гдушенок. Основа здесь — «гдуш-», что сближает фамилию с диалектным словом «гдушить», то есть «давить, мять, жать». В северных и центральных говорах так могли назвать человека, который занимался давкой ягод, льна или сыра — например, в крестьянском хозяйстве, где мяли лён или отжимали творог. Менее вероятная, но возможная версия — связь с «гдуха» или «гдуш» как прозвищем медлительного или вялого человека (от «гдушить» в значении «мешкать, копаться»).

Суффикс «-енк-» в фамилии характерен для восточнославянской модели, особенно распространённой на территории современной Беларуси, Смоленщины и Брянщины. Формы на «-енко» обычно указывают на потомка по мужской линии: Гдушенок — «сын Гдуша» или «маленький Гдуш». Сама основа «Гдуш» могла быть уменьшительной формой от неканонического имени или прозвища, которое в документах XVI–XVII веков могло выглядеть как Гдуш, Гдуха, Гдуша.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гдушин, Гдушков, Гдушев — показывает, что все они редки и тяготеют к западным областям России. Фамилия Гдушенкова фиксируется в основном в архивных записях XIX века по Смоленской и Витебской губерниям, что подтверждает её западнорусское или белорусское происхождение. Социально предки могли быть крестьянами или мещанами, а прозвище, вероятно, закрепилось за родом, где кто-то отличался особым занятием — отжимом масла или льна, либо же манерой поведения.

В написании фамилии обращает на себя внимание редкое сочетание «гд» в начале — это не опечатка, а след древнего произношения, где «г» могла быть взрывной, а не фрикативной, как в южнорусских говорах. Такое начало встречается в единичных фамилиях (Гдуль, Гдун), что делает Гдушенкова ономастическим уникумом.