Фамилия Гегенигер — одна из тех, чей корень ищут не в славянских, а в германских языках. Её основа — немецкое слово «Hegen», что означает «охранять», «заботиться», «лелеять», а в более широком смысле — «оберегать скот или угодья». Вторая часть фамилии, «-гер», восходит к немецкому «Jäger» — «охотник» или, реже, «егерь». Таким образом, исходное прозвище Hegenjäger могло обозначать лесничего, егеря или человека, который охранял охотничьи угодья от браконьеров и следил за дичью. Распространённая модель сложения двух корней (глагол + профессия) типична для немецких фамилий, образованных от должностей при дворе или в поместье.

Написание «Гегенигер» — это русская адаптация немецкой фамилии. В оригинале она могла выглядеть как Hegeniger, Hegenjäger или Hegenegger. В немецком языке после согласного «g» часто стоит «e», которое в русской записи превратилось в «и» (Гегенигер вместо Гегенегер). Суффикса -ов/-ин в фамилии нет — это указывает, что она не прошла полную русификацию по модели «сын такого-то», а сохранила иноязычную форму. Такие фамилии в России чаще всего встречались у потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье, или у остзейских немцев, служивших в армии и на гражданской службе.

Если опираться на данные о расселении, то фамилия Гегенигер в Российской империи была зафиксирована в колониях немцев Поволжья, особенно в Саратовской и Самарской губерниях. Встречалась она и среди меннонитов. Носители фамилии чаще всего были людьми служилыми или крестьянами, но в основе прозвища лежит управленческая или охранительная функция — не рядовой охотник, а человек, отвечающий за порядок в угодьях. Есть и более прозаичная версия: в южнонемецких диалектах «Hegen» могло означать «изгородь» или «огороженный участок», и тогда прозвище давали тому, кто жил у ограды или строил заборы. Но первая версия — с лесничим — выглядит убедительнее, так как слово «Jäger» в составе фамилий встречается часто и имеет чёткое профессиональное значение.

В современной России фамилия редкая. Её носители живут в основном в центральных регионах и на Урале — следствие миграций немецкого населения в XX веке. Из-за отсутствия славянского суффикса фамилия не склоняется по падежам в мужском роде, что тоже необычно для русского уха и иногда приводит к путанице в документах.