Фамилия Гегомян — армянская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -ян. В армянской ономастике этот суффикс (в диалектах также -янц) выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на принадлежность к роду, буквально «из семьи такого-то». В дореволюционной России армянские фамилии на -ян нередко русифицировали, отбрасывая окончание, но Гегомян сохранилась в исходной форме.

Основа фамилии — личное имя Гегом или Геворг. В армянском языке имя Геворг (армянская форма Георгия) в народном произношении часто редуцировалось до Гего, а затем и до Гег. Таким образом, Гегомян — это «потомок Гего» или «из рода Гега». Имя Георгий (земледелец) пришло из греческого через христианство, и в Армении оно было одним из самых распространённых, так что фамилий от него образовалось множество: Геворкян, Георгян, Гегомян — это разные ветви одного корня.

Географически фамилия Гегомян встречается преимущественно среди армян, исторически живших в Западной Армении (ныне восточная Турция) и в регионах с компактным расселением армян — например, в Шираке, Арагацотне. В Российской империи носители фамилии фиксировались в Тифлисской и Эриванской губерниях, а после геноцида армян 1915 года — в диаспоре.

Интересная деталь: в некоторых говорах армянского языка фамилия могла звучать как Гегмян, с выпадением гласной. Такие варианты встречаются в записях конца XIX века, но в современном написании закрепилась полная форма. Социальный слой носителей был разным — от крестьян до ремесленников, но фамилия не указывает на конкретное сословие или ремесло, только на родовое имя предка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Гегомян стоит ближе к народной, диалектной форме, в отличие от книжного Геворкян. Это не делает её менее «правильной» — просто отражает живую речь, из которой и выросли многие армянские родовые имена.